Управление эксплуатации водохранилищ Челябинской области создано на основании приказа Министерства мелиорации и водного хозяйства РСФСР от 21.07.1986 № 416.
Приказом Министерства природных ресурсов Российской Федерации от 29.01.1999 № 19 переименовано в Федеральное государственное учреждение по эксплуатации водохранилищ Челябинской области (далее Учреждение), и в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 31.12.2004 № 1745-р находится в ведении Федерального агентства водных ресурсов.
Приказом Федерального агентства водных ресурсов от 06.12.2010 № 318 Учреждение реорганизовано, путем присоединения к нему Федерального государственного учреждения «Челябгидрострой».
